A bacterial artificial chromosome library for sequencing the complete human genome

Genome Res. 2001 Mar;11(3):483-96. doi: 10.1101/gr.169601.

Abstract

A 30-fold redundant human bacterial artificial chromosome (BAC) library with a large average insert size (178 kb) has been constructed to provide the intermediate substrate for the international genome sequencing effort. The DNA was obtained from a single anonymous volunteer, whose identity was protected through a double-blind donor selection protocol. DNA fragments were generated by partial digestion with EcoRI (library segments 1--4: 24-fold) and MboI (segment 5: sixfold) and cloned into the pBACe3.6 and pTARBAC1 vectors, respectively. The quality of the library was assessed by extensive analysis of 169 clones for rearrangements and artifacts. Eighteen BACs (11%) revealed minor insert rearrangements, and none was chimeric. This BAC library, designated as "RPCI-11," has been used widely as the central resource for insert-end sequencing, clone fingerprinting, high-throughput sequence analysis and as a source of mapped clones for diagnostic and functional studies.

Publication types

  • Research Support, Non-U.S. Gov't
  • Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
  • Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.

MeSH terms

  • Chromosomes, Artificial, Bacterial / genetics*
  • Cloning, Molecular / methods
  • Contig Mapping
  • DNA, Satellite / genetics
  • Deoxyribonuclease EcoRI / metabolism
  • Deoxyribonucleases, Type II Site-Specific / metabolism
  • Gene Rearrangement
  • Genetic Markers / genetics
  • Genomic Library*
  • Human Genome Project
  • Humans
  • Molecular Sequence Data
  • Recombinant Fusion Proteins / genetics
  • Recombination, Genetic / genetics
  • Restriction Mapping
  • Sequence Analysis, DNA / methods*
  • Sequence Tagged Sites

Substances

  • DNA, Satellite
  • Genetic Markers
  • Recombinant Fusion Proteins
  • Deoxyribonuclease EcoRI
  • Deoxyribonucleases, Type II Site-Specific
  • GATC-specific type II deoxyribonucleases

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