The Origin and Evolution of Fragrance in Rice (Oryza Sativa L.)

Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Aug 25;106(34):14444-9. doi: 10.1073/pnas.0904077106. Epub 2009 Aug 17.

Abstract

Fragrance in the grain is one of the most highly valued grain quality traits in rice, yet the origin and evolution of the betaine aldehyde dehydrogenase gene (BADH2) underlying this trait remains unclear. In this study, we identify eight putatively nonfunctional alleles of the BADH2 gene and show that these alleles have distinct geographic and genetic origins. Despite multiple origins of the fragrance trait, a single allele, badh2.1, is the predominant allele in virtually all fragrant rice varieties today, including the widely recognized Basmati and Jasmine types. Haplotype analysis allowed us to establish a single origin of the badh2.1 allele within the Japonica varietal group and demonstrate the introgression of this allele from Japonica to Indica. Basmati-like accessions were nearly identical to the ancestral Japonica haplotype across a 5.3-Mb region flanking BADH2 regardless of their fragrance phenotype, demonstrating a close evolutionary relationship between Basmati varieties and the Japonica gene pool. These results clarify the relationships among fragrant rice varieties and challenge the traditional assumption that the fragrance trait arose in the Indica varietal group.

Publication types

  • Research Support, Non-U.S. Gov't
  • Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.

MeSH terms

  • Alleles
  • Base Sequence
  • Betaine-Aldehyde Dehydrogenase / genetics*
  • Betaine-Aldehyde Dehydrogenase / metabolism
  • Evolution, Molecular*
  • Gene Frequency
  • Genetic Variation
  • Geography
  • Haplotypes
  • Molecular Sequence Data
  • Mutation
  • Odorants*
  • Oryza / classification
  • Oryza / enzymology
  • Oryza / genetics*
  • Phylogeny
  • Plant Proteins / genetics*
  • Plant Proteins / metabolism
  • Sequence Homology, Nucleic Acid

Substances

  • Plant Proteins
  • Betaine-Aldehyde Dehydrogenase

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