Hepatitis E virus (HEV), norovirus (NoV), and rotavirus (RV) are all hypothesized to infect humans zoonotically via exposure through swine and pork. Our study objectives were to estimate Canadian farm-level prevalence of HEV, NoV [specifically porcine enteric calicivirus (PEC)], and RV in finisher pigs, and to study risk factors for farm level viral detection. Farms were recruited using the Canadian Integrated Program for Antimicrobial Resistance Surveillance (CIPARS) and FoodNet Canada on-farm sampling platforms. Six pooled groups of fecal samples were collected from participating farms, and a questionnaire capturing farm management and biosecurity practices was completed. Samples were assayed using validated real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). We modeled predictors for farm level viral RNA detection using logistic and exact logistic regression. Seventy-two herds were sampled: 51 CIPARS herds (15 sampled twice) and 21 FoodNet Canada herds (one sampled twice). Hepatitis E virus was detected in 30/88 farms [34.1% (95% CI 25.0%, 44.5%)]; PEC in 18 [20.5% (95% CI: 13.4%, 30.0%)], and RV in 6 farms [6.8% (95% CI: 3.2%, 14.1%)]. Farm-level prevalence of viruses varied with province and sampling platform. Requiring shower-in and providing boots for visitors were significant predictors (P < 0.05) in single fixed effect mixed logistic regression analysis for detection of HEV and PEC, respectively. In contrast, all RV positive farms provided boots and coveralls, and 5 of 6 farms required shower-in. We hypothesized that these biosecurity measures delayed the mean age of RV infection, resulting in an association with RV detection in finishers. Obtaining feeder pigs from multiple sources was consistently associated with greater odds of detecting each virus.
Le virus de l’hépatite E (VHE), le norovirus (NoV), et le rotavirus (RV) sont tous suspectés être des agents zoonotiques associés à une exposition aux porcs ou à la viande de porc. Les objectifs de la présente étude étaient d’estimer, dans des fermes canadiennes, la prévalence de VHE, NoV [spécifiquement le calicivirus entérique porcin (CEP)], et le RV chez des porcs en finition, et d’étudier les facteurs de risque pour la détection virale à la ferme. Les fermes ont été recrutées à l’aide des plateformes d’échantillonnage à la ferme du Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) et de FoodNet Canada. Six groupes d’échantillons amalgamés de matières fécales ont été récoltés dans les fermes participantes, et un questionnaire relevant les pratiques de gestion à la ferme et les mesures de biosécurité a été complété. Les échantillons ont été analysés au moyen d’une méthode validée de réaction d’amplification en chaîne par la polymérase en temps réel (RT-PCR). Des prédicteurs de détection de l’ARN viral sur la ferme ont été modélisés à l’aide de régressions logistiques et de régressions logistiques exactes. Soixante-douze troupeaux ont été échantillonnés : 51 troupeaux du programme CRIPA (15 troupeaux échantillonnés deux fois) et 21 troupeau du programme FoodNet Canada (un troupeau échantillonné deux fois). Le VHE a été détecté dans 30/88 fermes [34,1 % (IC 95 % : 25,0 %, 44,5 %)], CEP dans 18 [20,5 % (IC 95 % : 13,4 %, 30,0 %)], et RV dans 6 fermes [6,8 % (IC 95 % : 3,2 %, 14,1 %)]. La prévalence des virus dans les fermes variait selon la province et la plate-forme d’échantillonnage. Une douche obligatoire avant l’entrée dans la porcherie et le fait de fournir des bottes aux visiteurs s’avéraient des prédicteurs significatifs (P < 0,05) pour la détection du VHE et du CEP, respectivement, dans une analyse par régression logistique mixte à effet fixe unique. Ceci contrastait avec le fait que toutes les fermes positives pour RV fournissaient des bottes et des couvre-tout, et 5 des 6 fermes exigeaient une douche à l’entrée. Nous émettons l’hypothèse que ces mesures de biosécurité ont retardé l’âge moyen d’une infection par le RV, ce qui résultait en une association entre la détection de RV et les animaux en finition. L’acquisition de porcs en croissance de sources multiples était constamment associée avec une probabilité plus grande de détecter chaque virus.(Traduit par Docteur Serge Messier).