[Diagnostic Approaches in Sepsis - Part 2: Pathogen Detection]

Anasthesiol Intensivmed Notfallmed Schmerzther. 2019 Jan;54(1):38-48. doi: 10.1055/a-0756-4651. Epub 2019 Jan 8.
[Article in German]

Abstract

Despite the dissemination of innovative, molecular biology-based and commercially available devices for pathogen detection, culture-based methods with susceptibility testing remain the key principles for guiding antimicrobial treatment of patients suffering from sepsis or septic shock on the ICU. Culture-based methods are able to facilitate pathogen detection from a diversity of specimen (respiratory secretion, intraoperatively obtained smears, aspirates, and so forth). However, the latency from obtainment of the specimen up to pathogen detection with susceptibility testing is a major disadvantage of culture-based methods in critical illness. Molecular biology-based methods like Polymerase Chain Reaction (PCR) and especially Next-Generation Sequencing (NGS) based methods promise faster pathogen and resistance detection, but are not used in clinical routine yet. With more clinical trials to come, these innovative diagnostic tools may have the potential to lead to a paradigm shift within the context of pathogen identification in sepsis.

Im Rahmen der Sepsis und des septischen Schocks spielen, trotz der zunehmenden Verbreitung von neuen molekularbiologischen Verfahren, der kulturelle Erregernachweis und die Resistenztestung weiterhin die entscheidende Rolle in der antimikrobiellen Therapie auf der Intensivstation. Hierbei kann der Erregernachweis für die antimikrobielle Therapie einerseits direkt aus dem Patientenblut, andererseits aber auch aus diversen anderen Probenmaterialien (respiratorische Sekrete, Punktat, intraoperative Abstriche etc.) geführt werden. Ein Nachteil konventioneller kultureller Verfahren im Kontext kritisch kranker Patienten ist die zeitliche Latenz bis zum Erregernachweis bzw. zum Ergebnis der Resistenztestung. Molekularbiologische Verfahren wie Techniken der Erregerdiagnostik und Resistenztestung, die auf Polymerase Chain Reaction (PCR) oder vor allem Next-Generation Sequencing (NGS) basieren, versprechen hier zwar kürzere Umlaufzeiten, sind aber aktuell noch kein klinischer Standard. Trotzdem besitzen diese Verfahren das Potenzial, einen Paradigmenwechsel in der Erregerdiagnostik herbeizuführen.

Publication types

  • Review

MeSH terms

  • Anti-Bacterial Agents / therapeutic use
  • Bronchoalveolar Lavage Fluid / microbiology
  • Humans
  • Sepsis / diagnosis*
  • Sepsis / drug therapy
  • Sepsis / microbiology*
  • Shock, Septic / drug therapy

Substances

  • Anti-Bacterial Agents