Drug-resistant tuberculosis diagnosis since Xpert ® MTB/RIF introduction in Papua New Guinea, 2012-2017

Public Health Action. 2019 Sep 21;9(Suppl 1):S12-S18. doi: 10.5588/pha.19.0005.

Abstract

Setting: Xpert® MTB/RIF was introduced in Papua New Guinea in 2012 for the diagnosis of tuberculosis (TB) and of rifampicin-resistant TB (RR-TB), a marker of multi-drug-resistant TB (MDR-TB).

Objective: To assess the concordance of Xpert with phenotypic drug susceptibility testing (DST) performed at the supranational reference laboratory and to describe the patterns of drug-resistant TB observed.

Design: This was a retrospective descriptive study of laboratory data collected from April 2012 to December 2017.

Results: In 69 months, 1408 specimens with Xpert results were sent for mycobacterial culture and DST; Mycobacterium tuberculosis was cultured from 63% (884/1408) and DST was completed in 99.4%. The concordance between Xpert and culture for M. tuberculosis detection was 98.6%. Of 760 RR-TB cases, 98.7% were detected using Xpert; 98.5% of 620 MDR-TB cases were identified using phenotypic DST. Phenotypic resistance to second-line drugs was detected in 59.4% (522/879) of specimens tested, including 29 with fluoroquinolone resistance; the majority were from the National Capital District and Daru Island.

Conclusion: The high concordance between phenotypic DST and Xpert in identifying RR-TB cases supports the scale-up of initial Xpert testing in settings with high rates of drug resistance. However, rapid DST in addition to the detection of RR-TB is required.

Contexte: L'Xpert® MTB/RIF a été introduit en Papouasie Nouvelle Guinée en 2012 pour le diagnostic de la tuberculose (TB) et de la TB résistante à la rifampicine (RR-TB), un marqueur de TB multirésistante (MDR-TB).

Objectif: Evaluer la concordance de l'Xpert avec le test de pharmacosensibilité phénotypique (DST) réalisé au laboratoire de référence supranational et décrire les profils de TB pharmacorésistante observés.

Schema: Une étude rétrospective descriptive de données de laboratoire recueillies entre avril 2012 et décembre 2017.

Resultats: En 69 mois, 1408 échantillons comportant des résultats d'Xpert ont été envoyés au laboratoire pour une culture de mycobactéries et un DST. Mycobacterium tuberculosis a été cultivé sur 63% (884/1408) et le DST a été réalisé sur 99,4% de ces derniers. La concordance entre l'Xpert et la culture pour la détection de M. tuberculosis a été de 98,6%. L'Xpert a détecté 98,7% de 760 cas de RR-TB et 98,5% de 620 cas de MDR-TB identifiés par DST phénotypique. La résistance phénotypique aux médicaments de deuxième ligne a été détectée dans 59,4% (522/879) des échantillons testés, dont 29 avaient une résistance aux fluoroquinolones, la majorité émanant du district de la capitale nationale et de l'île de Daru, Province de l'Ouest.

Conclusion: La concordance entre DST phénotypique et Xpert pour la RR-TB est en faveur de l'accélération du test initial par Xpert dans les contextes de taux élevés de pharmacorésistance. Il y a cependant un besoin de test rapide de pharmacorésistance pour la détection de la résistance aux médicaments autres que la rifampicine.

Marco de referencia: La prueba Xpert® MTB/RIF se introdujo en Papúa Nueva Guinea en el 2012 para el diagnóstico de la tuberculosis (TB) y la TB resistente a rifampicina (RR-TB), que es un marcador de la TBmultirresistente (MDR-TB).

Objetivo: Evaluar la concordancia de la prueba Xpert con las pruebas fenotípicas de sensibilidad realizadas en el Laboratorio Supranacional de Referencia y describir los tipos de TB farmacorresistente observados.

Método: Fue este un estudio descriptivo retrospectivo de los datos de laboratorio recogidos de abril del 2012 a diciembre del 2017.

Resultados: En 69 meses, se enviaron 1408 muestras con resultados de la prueba Xpert para cultivo micobacteriano y pruebas fenotípicas de resistencia. Se cultivó el Mycobacterium tuberculosis del 63% de las muestras (884/1408) y en 99,4% de estas se completaron las pruebas fenotípicas de resistencia. La concordancia entre la prueba Xpert y el cultivo de micobacterias para la detección de M. tuberculosis fue de 98,6%. Con la prueba Xpert se detectó el 98,7% de 760 casos de RR-TBy el 98,5% de 620 casos de MDR-TB detectados con las pruebas fenotípicas. En el 59,4% (522/879) de las muestras examinadas se detectó resistencia fenotípica a los fármacos de segunda línea, incluidos 29 casos con resistencia a fluoroquinolona y la mayor parte provenía del Distrito Capital Nacional y la Isla Daru de la Provincia Occidental.

Conclusión: La alta concordancia entre las pruebas fenotípicas de sensibilidad a los medicamentos y la prueba Xpert con respecto a rifampicina respalda la ampliación de escala de la utilización de la prueba Xpert hacia entornos con tasas altas de farmacorresistencia. Sin embargo, se precisan pruebas rápidas de detección de la resistencia a otros fármacos diferentes de la rifampicina.

Keywords: Papua New Guinea; Xpert® MTB/RIF; drug susceptibility testing; multidrug-resistant tuberculosis.