Epidemiological data on the distribution of mostly bacterial pathogens are still the basis for empirical treatment recommendations on respiratory infections. Because of the dynamic technological developments in molecular multiplexing and sequencing procedures, the spectrum of potential pathogens is increased and challenges the current dogma of virulence and pathogenicity of certain pathogens. Classical pathogens of the lungs are thereby not questioned but are increasingly placed in a context that reflects co-infections with viruses and changes of the local microbiome in more depth. Recent data indicate that integration of this novel information is required for a better understanding of the seasonal differences in the frequency of particular lung infections and to find new approaches to risk stratification of patients. This becomes most obvious in the subgroup of immunosuppressed patients who are at risk of severe courses of diseases with higher morbidity and mortality from infections with viruses and facultative pathogens, such as nontuberculous mycobacteria (NTM). Based on the fundamental knowledge on the spectrum of pathogens of community-acquired and nosocomial lung infections, novel approaches in pathogen diagnostics and lung microbiome analytics are discussed and the applicability with respect to the current clinical routine is questioned.
Epidemiologische Daten zur Erregerverteilung stellen bei respiratorischen Infektionen noch immer die Grundlage für empirische Therapieempfehlungen dar. Durch rasante technologische Entwicklungen im Bereich der Multiplex- und Sequenzierverfahren erweitert sich zunehmend das Spektrum potenziell relevanter Erreger und stellt bisherige Dogmen zur Virulenz und Pathogenität einzelner Erreger auf die Probe. Dabei behalten klassische pathogene Erreger der Lunge ihre Bedeutung, werden jedoch zunehmend in einen Kontext gesetzt, der virale Koinfektionen und Veränderungen des lokalen Mikrobioms berücksichtigt. Neuere Daten legen nahe, dass es erst durch die Integration dieser Informationen möglich sein wird, saisonale Unterschiede in der Häufigkeit bestimmter Lungeninfektionen zu erklären und neue Ansätze zur Stratifizierung von Risikopatienten zu finden. Dies wird besonders offensichtlich bei immunsupprimierten Patienten, bei denen Infektionen mit Viren und fakultativ pathogenen Erregern wie nichttuberkulösen Mykobakterien (NTM) zu schweren Krankheitsverläufen mit hoher Morbidität und Letalität führen können. Auf der Basis grundlegender Kenntnisse zum Erregerspektrum von ambulant und nosokomial erworbenen Pneumonien werden neue Ansätze in der Erregerdiagnostik und der Analytik des Lungenmikrobioms diskutiert und hinsichtlich der aktuellen Anwendbarkeit im Alltag hinterfragt.
Keywords: Microbiome; Nontuberculous mycobacteria; Pathogen detection; Respiratory infections; Viruses.
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