Purpose: Genetic testing results are currently obtained approximately 1 year after referral to a medical genetics team for autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD). We evaluated a mainstream genetic testing (MGT) pathway whereby the nephrology team provided pre-test counseling and selection of patients with suspected ADPKD for genetic testing prior to direct patient interaction by a medical geneticist.
Sources of information: A multidisciplinary team of nephrologists, genetic counselors, and medical geneticists developed an MGT pathway for ADPKD using current testing criteria for adult patient with suspected ADPKD and literature from MGT in oncology.
Methods: An MGT pathway was assessed using a prospective cohort and compared to a retrospective cohort of 56 patients with ADPKD who received genetic testing using the standard, traditional pathway prior to implementing the MGT for ADPKD. The mainstream pathway was evaluated using time to diagnosis, diagnostic yield, and a patient survey to assess patient perceptions of the MGT pathway.
Key findings: We assessed 26 patients with ADPKD using the MGT and 18 underwent genetic testing with return of results. Of them, 52 patients had data available for analysis in the traditional control cohort. The time for return of results using our MGT pathway was significantly shorter with a median time to results of 6 months compared to 12 months for the traditional pathway. We identified causative variants in 61% of patients, variants of uncertain significance in 28%, and 10% had negative testing which is in line with expectations from the literature. The patient surveys showed high satisfaction rates with the MGT pathway.
Limitations: This report is an evaluation of a new genetic testing pathway restricted to a single, publicly funded health care center. The MGT pathway involved a prospective collection of a limited number of patients with ADPKD with comparison to a retrospective cohort of patients with ADPKD evaluated by standard testing.
Implications: A MGT pathway using clearly defined criteria and commercially available gene panels for ADPKD can be successfully implemented in a publicly funded health care system to reduce the time required to obtain genetic results.
Motif: Actuellement, les résultats du dépistage génétique pour la maladie polykystique rénale autosomique dominante (ADPKD) sont obtenus environ un an après l’aiguillage en médecine génique. Nous avons évalué un parcours de dépistage génétique intégré (DGI) où l’équipe de néphrologie fournit des conseils pré-dépistage et sélectionne les patients soupçonnés d’ADPKD pour un test génétique avant l’interaction directe du patient avec un généticien médical.
Sources: Une équipe multidisciplinaire constituée de néphrologues, de conseillers en génétique et de généticiens médicaux a développé un parcours de DGI à partir des critères existants pour les patients adultes soupçonnés d’ADPKD et de la littérature portant sur le DGI en oncologie.
Méthodologie: Le parcours de DGI a été évalué dans une cohorte prospective puis comparé à une cohorte rétrospective de 56 patients atteints d’ADPKD ayant subi un dépistage génétique selon le parcours traditionnel, avant la mise en œuvre d’un parcours de DGI pour l’ADPKD. Le parcours intégré a été évalué en tenant compte du temps requis pour poser le diagnostic, du rendement diagnostique et d’un sondage auprès des patients évaluant leurs perceptions à l’égard du parcours lui-même.
Principaux résultats: Le parcours de DGI a permis d’évaluer 26 patients atteints d’ADPKD, dont 18 ont subi des tests génétiques avec retour des résultats. Dans la cohorte témoin (dépistage traditionnel), 52 patients disposaient de données disponibles pour l’analyse. Le délai médian pour l’obtention des résultats était significativement plus court avec le parcours de DGI qu’avec le parcours traditionnel (6 mois c. 12 mois). Des variantes causales ont été relevées chez 61 % des patients, 28 % des patients présentaient des variantes de signification incertaine et 10 % ont obtenu des résultats négatifs, ce qui est conforme aux attentes posées par les résultats rapportés dans la littérature. Les sondages menés auprès des patients ont montré des taux de satisfaction élevés à l’égard du parcours de DGI.
Limites: Ce rapport constitue l’évaluation d’un nouveau parcours de dépistage génétique limitée à un seul centre de soins de santé public. Ce parcours de DGI a été évalué dans une cohorte prospective formée d’un nombre limité de patients atteints d’ADPKD par rapport à une cohorte rétrospective de patients atteints d’ADPKD évalués par la méthode traditionnelle.
Implications: Un parcours de DGI utilisant des critères clairement définis et des panels génétiques pour l’ADPKD disponible commercialement peut être mis en œuvre avec succès dans un système de santé public et accélérer l’obtention des résultats génétiques.
Keywords: autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD); chronic kidney disease (CKD); genetic testing; kidney failure; mainstream; medical genetics; next generation sequencing (NGS).
© The Author(s) 2021.