Viral infections are a frequent cause of disseminated non-suppurative encephalitis in dogs. However, using routine diagnostic methods, the specific virus may remain unknown due to extensive or complete viral clearance or because the virus is unexpected or new. A metatranscriptomics-based approach of combining high-throughput sequencing (HTS) and bioinformatics analysis was used to investigate the viral etiology in archival cases of dogs with non-suppurative encephalitis. In formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) brain material from the years 1976 to 2021 a high incidence of tick-borne encephalitis virus (TBEV) was detected. Moreover, canine distemper virus (CDV) was identified without typical demyelinating lesions and canine vesivirus (CaVV) was detected as an unexpected virus associated with non-suppurative encephalitis. We demonstrated the viral presence in brain tissues at the sites of inflammation by immunohistochemistry (IHC) and in situ hybridization (ISH). These results highlight the value of emerging sequencing technologies in veterinary diagnostics and expand our knowledge on the etiologies of encephalitis in dogs.
Virusinfektionen sind eine häufige Ursache einer disseminierten nicht-eitrigen Enzephalitis bei Hunden. Mit routinemässigen Diagnosemethoden kann es jedoch sein, dass spezifische Viruserkrankungen nicht diagnostiziert werden, weil das Virus weitgehend oder vollständig eliminiert wurde oder weil das Virus unerwartet oder unbekannt ist. Um die virale Ätiologie in Archivfällen von Hunden mit nicht-eitriger Enzephalitis zu untersuchen, wurde ein auf Metatranskriptomik basierender Ansatz, der Hochdurchsatzsequenzierung (HTS) und bioinformatische Analyse kombiniert, verwendet. In formalin-fixiertem, in Paraffin eingebetteten (FFPE) Gehirnmaterial aus den Jahren 1976 bis 2021 wurde eine hohe Inzidenz des durch Zecken übertragenen Frühsommer-Meningoenzephalitis-Virus (FSMEV) nachgewiesen. Darüber hinaus wurde das Canine Staupevirus (CDV) ohne typische demyelinisierende Läsionen identifiziert und das Canine Vesivirus (CaVV) wurde als unerwartetes Virus im Zusammenhang mit nicht-eitriger Enzephalitis entdeckt. Wir haben die Viruspräsenz im Gehirngewebe an den Entzündungsherden durch Immunhistochemie (IHC) und In-situ-Hybridisierung (ISH) nachgewiesen. Diese Ergebnisse unterstreichen den Wert neuer Sequenzierungstechnologien in der Veterinärdiagnostik und erweitern unser Wissen über die Ätiologie der Enzephalitiden bei Hunden.
Les infections virales sont une cause fréquente d’encéphalite non suppurée disséminée chez le chien. Cependant, en utilisant les méthodes de diagnostic de routine, le virus spécifique peut rester inconnu en raison d’une clairance virale importante ou complète ou parce que le virus est inattendu ou nouveau. Une approche métatranscriptomique combinant le séquençage à haut débit et l’analyse bioinformatique a été utilisée pour étudier l’étiologie virale dans des cas archivés de chiens atteints d’encéphalite non suppurée. Une incidence élevée du virus de l’encéphalite à tiques (TBEV) a été détectée dans le matériel cérébral fixé au formol et inclus dans la paraffine (FFPE) des années 1976 à 2021. En outre, le virus de la maladie de Carré (CDV) a été identifié sans lésions démyélinisantes typiques et le vésivirus canin (CaVV) a été détecté comme un virus inattendu associé à une encéphalite non suppurative. Nous avons démontré la présence virale dans les tissus cérébraux au niveau des sites d’inflammation par immunohistochimie (IHC) et hybridation in situ (ISH). Ces résultats soulignent la valeur des technologies de séquençage émergentes dans le diagnostic vétérinaire et élargissent nos connaissances sur les étiologies de l’encéphalite chez les chiens.
Le infezioni virali sono una causa frequente di encefalite non suppurativa disseminata nei cani. Tuttavia, utilizzando metodi diagnostici di routine, il virus specifico può rimanere sconosciuto a causa della diffusione virale estesa o completa o perché il virus è inatteso o nuovo. È stato utilizzato un approccio basato su metatranscriptomica che combina sequenziamento ad alta capacità (NGS) e analisi bioinformatica per indagare l’eziologia virale in casi, già archiviati, di cani affetti da encefalite non suppurativa. Nel materiale cerebrale in formalina-fissato e incluso in paraffina (FFPE) degli anni 1976–2021 è stata rilevata un’alta incidenza di virus della meningoencefalite trasmessa dalle zecche (TBEV). Inoltre, è stato identificato il virus del cimurro del cane (CDV) senza lesioni demielinizzanti tipiche e il vesivirus canino (CaVV) è stato rilevato come un virus inatteso associato all’encefalite non suppurativa. Abbiamo dimostrato la presenza virale nei tessuti cerebrali nei siti di infiammazione mediante immunistochimica (IHC) e ibridazione in situ (ISH). Questi risultati evidenziano il valore delle tecnologie emergenti di sequenziamento nella diagnostica veterinaria e ampliano le nostre conoscenze sulle eziologie dell’encefalite nei cani.
Keywords: Cani; Chiens; Enzephalitis; Hochdurchsatzsequenzierung; Hunde; Metatranskriptomik; Virus; dogs; encefalite; encephalitis; encéphalite; high-throughput sequencing; metatranscriptomica; metatranscriptomics; métatranscriptomique; sequenziamento ad alta capacità; séquençage à haut débit; virus.